Fünf Fraktionen teilen sich die Macht in Magalan. Die Berserker sind fähige Magier, die Elex nutzen, um alle möglichen Sprüche zu wirken. Ihnen ist es gelungen, die Wüste von Tavar in eine grüne und lebendige Waldlandschaft zu verwandeln und sie haben im alten Fort der Outlaws einen Außenposten errichtet. Die Outlaws wiederrum sind in verschiedene Gruppen zersplittert: Einige haben sich den Berserkern in Tavar angeschlossen, andere sind in die Kraterlandschaft von Ateris gezogen, um weiterhin als Gesetzlose ohne Regeln zu leben.

Die Albs haben aus ihrer Niederlage in Elex gelernt und kehren nun als spielbare Fraktion zurück. Jax kann sich ihnen also wieder anschließen. Die Albs haben den Konsum von Elex drastisch eingeschränkt, nachdem sie gesehen haben, wie effektiv ein Alb mit Emotionen sein kann, als Jax den Hybriden besiegte. Sie sind zwar noch immer keine fröhlichen Gesellen, aber ihre Kampfkraft macht sie zu einer interessanten Wahl. Fraktion Nummer 4 sind die Kleriker, berühmt für ihre Liebe zu Technik und Maschinen. Mit der Kraft von Elex betreiben sie ihre mächtigen Kampfroboter. Doch die Kleriker haben im Krieg gegen die Albs einen hohen Preis bezahlt, sie haben nicht nur ihre Heimat in Ignadon verloren, sondern ebenfalls viele ihre Brüder und Schwestern auf dem Schlachtfeld.

Die brandneue Fraktion in Elex II sind die Morkons. Als der Meteor Magalan traf, flüchteten einige Überlebende in ein unterirdisches Tunnelsystem, wo sie ein Leben voller Dunkelheit und Entbehrungen führten. Doch jetzt ist die Zeit gekommen, ihre Isolation aufzugeben. Rücksichtslos wollen sie ihren Glauben in ganz Magalan verbreiten und jeden, der sich ihnen in den Weg stellt, hinwegfegen.

Die spielbaren Fraktionen in Elex II bieten jeweils eigene Waffen und Rüstungen und Zugang zu besonderen Fähigkeiten. Es liegt ganz bei den Spielern, wem sie die Treue schwören!