Nach Jahrtausenden des Schlafs mobilisiert Vargard Nefershah die Legionen ihrer Necron-Dynastie, um die Eindringlinge des Adeptus Mechanicus zu vernichten. Diese haben sich unwissentlich auf ihrer Welt niedergelassen. Auf der anderen Seite der Galaxis wird Magos Dominus Faustinius herbeigerufen, um sein Fachwissen einzubringen und sicherzustellen, dass die Necrons keinen Erfolg haben. Der Konflikt wird bald zu einem Schmelztiegel von unvorhergesehener Bedeutung und zieht externe Akteure an, die noch seltsamer und tödlicher sind.

In der Fortsetzung werden die Spieler nicht nur als Adeptus Mechanicus gegen das Erwachen der Necron-Gruftwelt kämpfen, sondern auch als Necrons für das Wiederaufleben ihrer Dynastie - wobei beide Seiten über mehrere Kampagnen vollständig spielbar sind.

Strategisches Gameplay steht wieder im Mittelpunkt des Geschehens. Die Spieler können die Garnisonen ihrer Territorien verwalten und Truppen für jede Mission zusammenstellen, wobei sie aus einer stark erweiterten Auswahl an Kämpfern aus dem Sortiment jeder Fraktion wählen können. Neue Umgebungsmechaniken verlangen von den Spielern außerdem, dass sie ihre Streitkräfte wie nie zuvor manövrieren und die Stärken und Schwächen der gewählten Fraktion ausnutzen - als Mechanicus können sie sich hinter einem Gelände verstecken oder es als Necrons zerstören.